防水卷材在防水施工中根据防水基层的形状进行量体截衣，对于外形复杂的基层需多块拼接，防水卷材相互搭接处的粘结难度较大，由于多块拼接影响防水层的美观。完全绝对的密封将成为防水卷材主要难题，漏水隐患最大、机会最多的就是卷材的搭接部位。高档次的防水卷材具有几十年的耐用久性，但国内目前尚少与之相匹配的粘结剂，由于环境和粘结材料自身等因素往往提前失去粘结功能，由此而导致的防水失败将不言而喻。 

      对于那些具有混凝土保护层的防水层，尽管外部机械性穿剌不再有可能，但是如沿沟等部位不适合再做保护层;沿沟等部位由于下水道堵塞等原因长期积水的可能性较大，其间防水层的水密性不得有丝毫缺陷;因此沿沟部位卷材防水成功的机会较少;沿沟由于形状复杂，过水洞，出水口等部位的密封难度较大，卷材防水也成为技术上的关键;又由于沿沟中生活和生产废水的结聚，其中有害成份加速卷材粘结材料的分解、老化、甚至失效。

      防水卷材在施工后的保护和漏水后的维修亦是难题，裸露在外的防水层对外来的机械性损伤的预防十分重要，防水卷材与基层的粘结无论是满铺、点铺、条铺、空铺，卷材与基层之间都将是走水层，不管任何部位的贯穿性破损，脱胶、漏胶(那怕是只有一处)，整个与其相连贯层面的防水功能都将全部衰失，如果不能找到破损和缺陷部位，则局部的修补就不可能，那么只有重做防水层。